Rogue is een op het eerste oog normaal tienermeisje dat een onopvallend leven leidt. Tijdens een romantische kus met haar vriendje komt ze tot de schokkende ontdekking dat zij over bovennatuurlijke krachten beschikt. Zij blijkt, net als vele anderen over de hele wereld, een mutant te zijn. Tijdens haar zoektocht naar metgezellen ontmoet ze medemutant Wolverine, die haar meeneemt naar professor Charles Xaviers school voor mutanten. Daar krijgen jonge mensen met bijzondere gaven de kans om deze te ontplooien en leren beheersen. Xaviers bedoelingen zijn oprecht, maar zijn oude vriend Magneto wil zijn krachten gebruiken om samen met zijn achterban alle niet-mutanten te vernietigen. Dit leidt tot een strijd tussen de twee kampen, waarbij de uitkomst bepalend is voor de gehele mensheid.
