Een onbekend en dodelijk virus heeft ervoor gezorgd dat de wereldpopulatie met vijf miljard mensen is geslonken in 1996. In 2035 blijkt dat slechts één procent van de bevolking nog leeft en gedwongen is om ondergronds te leven. De veroordeelde James Cole biedt zich met tegenzin aan als vrijwilliger om terug te keren naar 1996 om informatie te vergaren over de herkomst van het virus. Hem wordt verteld dat dit werd verspreid door het mysterieuze Leger van de twaalf apen. Zijn doel is het virus te traceren voordat het begint te muteren en wetenschappers het niet meer aan een onderzoek kunnen onderwerpen. Per ongeluk wordt Cole echter naar 1990 getransporteerd, zes jaar eerder dan de bedoeling is. Hij wordt gearresteerd.
