Warschau, 1939. De dierentuin van Antonina en Jan Zabinski is een idyllische plek waar mens en dier in harmonie leven. Jan maakt zich zorgen over een mogelijke Duitse inval in Polen, maar Antonina wil haar dieren niet in de steek laten. Wanneer de Duitsers op 1 september 1939 bombardementen uitvoeren op Warschau, wordt de dierentuin zwaar getroffen: veel dieren vinden de dood, anderen worden in beslag genomen door de nazi's. In het geheim besluiten de Zabinski's samen te werken met het verzet en hun dierentuin in te zetten als schuilplaats voor Joodse onderduikers.