Voor Mrs. Brisby, weduwe en hoofd van een familie veldmuizen, lijkt het er op dat haar jongste zoon zal sterven aan longontsteking. In haar zoektocht naar een geneesmiddel redt ze een jonge kraai van de kat van een boer. In ruil hiervoor neem de kraai haar mee naar de meest wijze vogel: een grote uil. Normaal gesproken eten uilen muizen, maar wanneer deze uil hoort wat Mrs. Brisby van plan is wijst hij haar naar de oplossing voor haar probleem: het geheim van NIMH...
