Deel vier van de Bourne-reeks, met de nieuwe CIA-agent Aaron Cross die zijn leven niet meer zeker is, wanneer zijn geheime operatie wordt stopgezet. Nadat Jason Bourne de media heeft ingelicht over Treadstone, probeert de CIA al zijn sporen uit te wissen. Onder bevel van Eric Byer wordt de verwante operatie Outcome stopgezet, een geheime proef om agenten bijna onverslaanbaar te maken door pillen en genetische modificaties. Alle deelnemers van dit experiment zijn een doelwit geworden. Tijdens een trainingsmissie in Alaska weet Outcome-agent Aaron Cross een aanslag op zijn leven te omzeilen. Om te kunnen overleven, moet hij echter aan meer pillen komen. Alleen wetenschapper Marta Shearing, die eveneens betrokken is bij Outcome, kan hem hierbij helpen. Terwijl ze vluchten, zit de CIA hen op de hielen.