Drie jaar na de slag om Geonosis lijken de destructieve Kloonoorlogen een laatste beslissende fase in te gaan. Vele vooraanstaande separatisten zijn gevangengenomen of omgekomen in de strijd. De twee kopstukken van de afscheidingsbeweging - generaal Grievous en graaf Dooku - wisten de dans echter telkens te ontspringen. Wanneer de machtige kanselier Palpatine door hen wordt ontvoerd, stuurt de Jedi-raad Obi-Wan Kenobi er op uit om hem te bevrijden en de twee boosaardige separatistenleiders te elimineren. Hiermee hoopt de raad eindelijk weer orde en stabiliteit in de Republiek te brengen. Ondertussen bevindt Kenobi's leerling Anakin Skywalker zich in een tweestrijd: hij twijfelt tussen zijn trouw aan zijn meester en de Jedi-raad én de verleidelijke duistere zijde van de Kracht. Die zou hem immers in staat stellen zijn zwangere echtgenote Padmé te redden van een zekere dood...