Nadat Alice op het nippertje kan ontsnappen uit The Hive, het geheime ondergrondse wapenlaboratorium van de Umbrella Corporation, bevindt ze zich in een volledig verwoest Raccoon City. Het uiterst dodelijke T-Virus heeft opnieuw toegeslagen en heeft de inwoners van de stad veranderd in moordzuchtige zombies. Alice moet het samen met een groepje overlevenden, waaronder agente Jill Valentine en huurling Carlos Olivera, opnemen tegen hen. De zombies zijn echter niet het enige kwaad dat rondzwerft in de straten van Raccoon City : Nemesis, een monster dat door de Umbrella Corporation ontwikkeld werd als het ultieme biologische wapen, vernietigt alles op zijn pad...