Leeuw Alex, zebra Marty, giraffe Melman en nijlpaard Gloria groeien samen op in de veilige omgeving van de dierentuin van Central Park in New York. Ze worden daar erg verwend en hebben geen flauw idee hoe het is om in het wild te leven. Zebra Marty is erg nieuwsgierig naar het leven buiten zijn vertrouwde omgeving en besluit te ontsnappen. Als zijn drie vrienden zijn vermissing ontdekken, verlaten ook zij de dierentuin en gaan ze naar hem op zoek. Het lukt hen om Marty op te sporen, maar daarbij belanden ze wel op een schip richting Afrika. Tot overmaat van ramp wordt dat schip gekaapt, lijden ze schipbreuk en belanden ze daarna in de wildernis van Madagaskar.
