De Britse geheime dienst verliest in één klap zijn elitespionnen, door een bomaanslag tijdens de begrafenis van een van hun agenten. Noodgedwongen neemt MI7 zijn toevlucht tot Johnny English, een geheim agent die niet bekend staat om zijn bekwaamheid. Als de Britse kroonjuwelen worden gestolen, is de crisis compleet in Engeland. Johnny English krijgt de opdracht om de schat terug te vinden. Hoofdverdachte is de Franse crimineel Pascal Sauvage, die de koningin van de troon wil stoten. Johnny English stort zich op zijn taak en kent gevaar noch vrees. In feite kent Johnny English helemaal niets. De kluns wordt bovendien smoorverliefd op dubbelagente Lorna Campbell, wat het redden van de natie nog spannender maakt.