Rasputin staat tijdens de Tweede Wereldoorlog aan de kant van de Duitsers. Hij probeert de hulp in te roepen van demonen, maar dit wordt door de geallieerden voorkomen. De geallieerden vinden een kleine demoon die ze Hellboy noemen. Hellboy wordt opgevangen door professor Bruttenholm, die hem opvoedt met het idee dat het zijn taak is de mensheid te beschermen. Eenmaal volwassen werkt Hellboy voor een geheime dienst die zich gespecialiseerd heeft in paranormale zaken. Als Rasputin terugkeert, breekt letterlijk de hel los. Hellboy gaat samen met de dienst tot het uiterste om de vernietiging van de mensheid af te wenden.
