De Drie Ninja’s storten zich in een nieuw avontuur, dat begint in een pizzeria waar Jo, een indianenmeisje, lastig wordt gevallen. Jack Harding, een onverbiddelijke harde baas, heeft Jo’s vader ontvoerd. Zo probeert hij de leden van de indianenstam stil te krijgen, die tegen het storten van illegaal chemisch afval op hun land protesteren. De Ninja’s gaan met Jo op zoek naar haar vader.
